A Universidade Nacional Timor Lorosa’e articula-se, presentemente, nas seguintes Unidades:
Faculdade de Economia e Gestão
Faculdade de Educação, Artes e Humanidades
Faculdade de Engenharia, Ciências e Tecnologia
Faculdade de Medicina e Ciências da Saúde
Programa de Pós-Graduação e Pesquisa
Instituto Nacional de Linguística
Centro Nacional de Investigação Científica
Centro de Conservação e Desenvolvimento das Artes e Cultura
Instituto de Estudos de Paz, Conflito e Social
Centro para a Mudança Climática e Biodiversidade
Centro de Língua Tétum